恭喜南京医大团队又带着【单细胞+空间转录组】上分10+!想做单基因研究的快看过来!

想要开展一个新课题，大家觉得的从哪个方向更好上手呢？如果是番茄君的话，那咱们当然优选“单基因+生信”方向啊，从生信角度揭示该基因在某个疾病发展中的重要作用，随后以围绕其功能展开课题，可以算是一个很好的研究方向了。

今天就给大家分享一篇南京医大团队发表在J Immunother Cancer（IF 10.2）上的文章，他们是围绕基因KRAS展开，并研究其突变状态下结直肠癌（CRC）免疫抑制空间生态位情况。（KRAS是CRC中最易发生突变的基因，并且与肿瘤发展和耐药性都显著相关，临床意义很高啊。从突变这个角度找目标基因，这个点大家也可以利用起来）

思路上，文章则是主要利用了单细胞分析结合空间转录组作为前期研究框架，不仅系统绘制了一个KRAS突变型CRC关键细胞的空间分布情况，还揭示了一个潜在的通讯轴。（单细胞+空转这个组合的含金量还是很高的，一边揭示细胞异质性，一边分析空间分布，经典又好用！而且常规疾病公共数据丰富，发个六分左右很香啊。想用单基因发文或者在公共数据挖掘中遇到困难的朋友们可以直接找番茄君协助设计方案和分析哦）

研究思路

1.研究共整合了27个基于KRAS突变的CRC样本的公共单细胞数据（scRNA），对细胞类群进行分类注释，并对上皮细胞、成纤维细胞、髓细胞进行亚群分析并揭示细胞组成分变化。

2.对细胞进行空间转录组测序评估免疫细胞每个位点的CNV分数，通过分析肿瘤异质性评估肿瘤耐药情况。此外研究还利用空转进一步揭示了上皮细胞和成纤维细胞、髓细胞在肿瘤组织中的空间关联性。（单细胞、空转测序成本太高？直接挖掘公共数据库，省时又高效。要是担心自己的电脑带不动分析，咱这也有专业生信服务器可以给运行加速呢）

3.此外，研究还对六个组成集群中的分布模式和细胞类型概况进行了表征，揭示了关键集群CC5的空间定位模式。

4.最后，研究还构建了KRAS突变体的体内小鼠模型模拟TME微环境，并对肠道肿瘤组织细胞进行scRNA分析以对上述结果进行验证。

主要结果展示

1.scRNA结果将上皮细胞分为了10个亚群，其中KRAS突变体中Epi_01细胞亚群具有最高的KRAS信号转导评分。

2.在成纤维细胞亚群中Fib_CTHRC1和髓细胞亚群中Mono_S100A8比例差异最大并且最富集，可能在KRAS突变体微环境中发挥重要作用。

3.CNV评分结果显示KRAS-突变肿瘤具有更大的异质性，表明肿瘤恶性程度越高，治疗耐药性越大。

4.空转结果显示在KRAS突变肿瘤组织中，Epi_01和Mono_S100A8之间存在较强的共定位。

5.CC5主要集中在KRAS突变肿瘤的肿瘤核心区域，并且Epi_01和Mono_S100A8以高丰度发生共定位。

番茄君有话说

【单基因+单细胞+空间转录组】，这个组合现在还真是挺好用呢，尤其适合想要开展单基因研究的朋友们。如果大家只是想简单发文作为自己的一篇KPI，甚至不补充实验也有机会发个5分左右了，各位临床朋友们还不心动吗？感兴趣的话就快来找番茄君聊聊吧，方案设计、数据挖掘分析、生信服务器咱这都能做，还有技术老师为大家解读结果报告，助力大家快速发文！