始于明朝初年。明定都南京后，朱元璋从全国各地调集手艺精湛的石匠到京都建筑，南京东郊窦村因临近青龙山，盛产青石、白帆石等石料，且有运粮河与秦淮河相通，取材方便，交通便利，而成为石匠汇集、定居地，石刻技艺也在此传承至今。
窦村石刻技艺融采、切、凿、砌于一体，形成了包括选材、打荒、打细、打磨在内的一套完整的工艺制作流程，其手法灵活多变，制品中阴刻、阳刻、浮雕、透雕等技法皆有运用。
南京明城墙、明孝陵的神功圣德碑及神道石刻、中山陵石阶、夫子庙牌坊、莫愁湖石刻等，都是窦村石刻艺人的杰作。此外，光绪年间修建的窦村古戏台，也最能代表窦村石刻水平，现已被列为市级文物保护单位。
2007 年，窦村石刻技艺被列入首批南京市非物质文化遗产名录。但近年来，由于传统建筑遗产保护中重建筑、轻工艺，以及现代技术发展等因素，石刻工艺的传承日渐式微。不过，当地也采取了一系列措施，如举办 “石刻麒麟 窦村记忆” 文化沙龙，计划打造石文化沉浸式体验中心等，以促进其传承与保护
