南京地铁4号线二期起于珍珠泉东站（原珍珠泉站），线路沿浦马路向南，后转向定山大街向东过江后接至一期工程起点龙江站，线路全长10公里。全部为地下线，设车站6座。建成后将实现江北核心区域与江南鼓楼主城的连通。
南京地铁4号线二期工程盾构段全线建成后，将实现江北核心区域与江南鼓楼主城的通联，大大加强南北两岸的联动，对于串联起江北新区核心区和紫东地区核心区具有重要作用。截至2025年12月底，南京地铁4号线二期，4座车站和中间风井均已开工，3座车站和中间风井已完成主体结构。9条盾构隧道始发，其中8条盾构隧道贯通。南京地铁6号线北起栖霞山站，南至南部新城的南京南站，途经栖霞区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，串联起栖霞山、南京经济技术开发区、燕子矶、黑墨营、紫金山、光华门、南部新城地区，全线呈南北走向。线路长约32.4公里，全部为地下线。共设车站19座，均为地下站。
地铁6号线在万寿站与7号线交汇，换乘7号线可至新街口、鼓楼、河西等核心片区。
地铁6号线建成后，将实现主城区—仙林副城轴向组团带的便捷联系，缩短主城区与外围组团的时间距离，促进城市发展。同时，可缓解御道街、大明路等主城区道路拥堵状况，进一步发挥禄口机场、南京站、南京南站等交通枢纽运输效益。
栖霞山站
截至2025年12月底，南京地铁6号线已通过项目验收，正进行不载客试运行。
南京地铁9号线一期工程起于红山新城站，终于江苏大剧院·宪法广场站，线路全长19.684千米，全为地下线，共设车站16座，其中换乘站9座。线路途经玄武区、鼓楼区、建邺区。
9号线一期建成运营后，将是南京主城内部联系河西中部、下关与新庄地区一条重要的局域线。
截至2025年12月底，南京地铁9号线一期，所有车站已完成所有主体结构，正在开展附属结构施工。31条盾构隧道始发，其中30条盾构隧道贯通。具备条件的区段开展轨道铺设施工。
南京地铁11号线一期工程起点为马骡圩站，终点为浦洲路站，线路长度26.7公里，全部为地下线，共设车站20座，其中地下站19座、高架站1座。设换乘站9座。
南京地铁11号线一期是贯穿江北新区南北轴线的骨干交通线路之一，建成后可实现与地铁3号线、4号线、10号线、S3号线等10条过江线路换乘，堪称江北“换乘王”，对加强江北新区和主城区的联系具有重要意义。
截至2025年12月底，11号线一期全线18座已开工，其中17座车站完成主体结构。33条盾构隧道始发，其中32条盾构隧道贯通。
南京至马鞍山市域铁路全长54千米，其中一期工程南京段26.51千米、马鞍山段27.72千米。起自南京市西善桥站，终至马鞍山市当涂南站。共设站16座，其中南京段8座、马鞍山段8座。
宁马市域铁路（南京段）起自西善桥站，终点至铜井站，线路全长26.51公里，其中地下线11.663公里、高架线14.847公里，设车站8座，其中地下站4座、高架站4座。
宁马市域铁路（马鞍山段）起自铜井站（不含），终点至太白站，线路全长27.72公里，境内设8座车站，全部为高架车站，分别为慈湖高新区站、湖北路二中站、湖南路安工大站、雨山东路站、阳湖站、马鞍山经开区站、姑孰站、太白站。目前，宁马城际铁路马鞍山段已通过工程验收。
项目建成后，将补齐南京与马鞍山两城之间通勤交通短板，届时两市中心城区仅需30分钟即可实现互通互达，为两地居民带来更加便捷的出行体验，对打造南京都市圈“一日生活圈”和“一小时通勤圈”，有效推进宁马同城化发展，推动马鞍山全面融入长三角经济圈，深度参与南京都市圈建设具有重要意义。
雨花经济开发区站
截至2025年12月底，南京至马鞍山市域（郊）铁路南京段已通过项目验收，正进行不载客试运行。
南京至滁河市域（郊）铁路一期工程起自苏皖省界滁河，跨汤盘公路、华宝路，止于高科十二路前的高架线终点，线路长2.952公里。全部为高架线，设北斗产业园站（高架站）1座。
宁滁城际滁州段已于2023年通车，宁滁城际南京段通车后，南京和滁州之间将多一条快速通道，极大缩短了南京至滁州城市间的距离，两地将迎来更加便捷的交通环境，提高了居民的出行效率，对推进宁滁同城化发展，助力长江三角洲区域一体化具有重要意义。
截至2025年12月底，南京至滁河市域（郊）铁路南京段，地下段正推进施工前期准备工作，高架区段推进土建施工。
南京至扬州市域（郊）铁路一期工程起自南京地铁4号线仙林湖站（含），经南京市栖霞区、南京经济技术开发区、仪征市、扬州经济技术开发区、扬州市邗江区，止于扬州西站（含），路线全长约57.84公里。全线设置车站16座，其中地下站8座、高架站8座。
南京至扬州市域（郊）铁路一期项目是《长江三角洲地区多层次轨道交通规划》明确的“十四五”开工建设项目，是宁镇扬一体化的重要交通设施。
项目建成后，将为两岸之间的联动发展提供更加便利的交通保障，对落实长江经济带发展战略，推动扬子江城市群一体化发展，优化过江通道布局，加快构建综合立体交通走廊等具有重要意义。
截至2025年12月底，南京至扬州市域（郊）铁路一期工程南京段，3座车站及3个高架区间推进土建施工，其中2座车站完成围护结构，1座车站完成主体结构，1个高架区间完成主体结构。
