南京脑科医院儿童心理卫生研究中心成立于1984年，其前身南京脑科医院儿童精神科成立于1978年, 是我国第一所儿童心理卫生专业机构。1988年起被国家卫生部任命为中国儿童心理卫生指导中心，是儿童心理卫生相关专业人员的培训基地。至2021年中心已连续11次被聘任为“WHO儿童心理卫生科研与培训合作中心”，也是亚太地区唯一的合作中心。科室技术力量雄厚，拥有一支医学素质优良、业务训练有素、朝气蓬勃奋发向上的和谐医护团队。中心现有员工62人，具有硕士及硕士以上学位者29人；具体为医师17名（其中主任医师4人、副主任医师2人）、护理人员27人、临床心理师11名、助理研究员1名、教师及康复治疗师4名。
中心主要由三个部分组成：儿童青少年心理卫生门诊、儿童康复部、儿童青少年精神科住院部。门诊常规开设儿童精神科专家门诊、儿童精神科普通门诊、儿童青少年心理咨询门诊和儿童青少年心理评估，同时还开设有孤独症专病门诊、多动与学习困难专病门诊、抑郁与厌学专病门诊和抽动、强迫与焦虑专病门诊。儿童康复部内设有儿童孤独症行为和教育干预中心、感觉统合训练室、脑功能生物反馈治疗室、微量生物电治疗室、儿童潜能开发训练室。儿童精神科住院部为半开放式病房，分别有家庭式病房和集体病房，融医院、学校、家庭模式为一体。
中心是中华医学会精神医学分会儿童精神医学学组副组长、中华医学会心身医学分会儿少心身医学协作学组组长、中国医师协会儿科医师分会儿童保健专业委员会副主任委员、中国心理卫生协会儿童心理专业委员会副主任委员、中国妇幼保健协会神经发育障碍专业委员会副主任委员、江苏省医学会精神医学分会儿童精神医学学组组长、江苏省康复医学会儿童康复专业委员会副主任委员、江苏省残联康复协会孤独症康复专业委员会主任委员以及南京医学会精神医学分会主任委员单位，也是精神病学硕士博士点（儿童少年精神医学方向）、应用心理学硕士点以及博士后流动工作站。
中心在各种儿童青少年心理、行为及情绪障碍的临床诊治上积累了大量的病例和丰富的经验，多项诊治水平居国内领先地位。目前中心是江苏省儿童心理行为障碍诊疗中心、江苏省儿童心理卫生临床重点专科和江苏省儿少与学校卫生学重点学科建设单位，也是国家精神病学临床重点专科的亚专科之一。
