南京市第二医院，创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。医院是国家医防协同医防融合试点单位，是江苏省高水平医院重点建设单位，是江苏省首批区域医疗中心。
医院是南京中医药大学第四临床医学院，是国家级住院医师规范化培训基地，入选国家级博士后科研工作站。有感染性疾病科1个国家临床重点专科，感染性疾病学、传染科、肿瘤科、普通外科、结核科、胸外科、呼吸道传染病专业、肝炎专业、艾滋病专业、医学检验科、医学影像科11个江苏省重点学科、专科，产科1个江苏省省级临床重点专科建设单位，中西医结合科1个江苏省示范中医科，肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科、麻醉科、骨科、老年医学科、超声医学科、神经内科、胸外科、护理学、妇科、呼吸内科、整形外科14个南京市重点专科，肝病实验室、中心实验室2个南京市医学重点实验室，国家中医药管理局重点研究室1个。
医院分为钟阜院区、汤山院区两个院区，开放床位2000张。
钟阜院区地处鼓楼区钟阜路1-1号，占地面积42亩，总建筑面积8.8万平方米。钟阜院区学科齐全，开设普通外科（含肝胆外科、甲乳外科、胃肠外科）、胸外科、泌尿外科、骨科、神经外科、整形美容/创伤修复科等外科二级学科，心血管内科、呼吸科、消化科、神经内科、内分泌科、免疫科、皮肤科等内科二级学科，肝病科、肿瘤科、妇产科、儿科、中医科、重症医学科、眼科、耳鼻喉科、口腔科等其他临床学科，共40多个临床、医技科室，以精湛的医疗技术提供全面、优质的综合医疗服务，医疗服务辐射至安徽、山东等邻近省份。
汤山院区（挂牌江苏省传染病医院，南京市公共卫生医疗中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，占地面积480亩，总建筑面积10.9万平方米。是江苏省传染病紧急医学救援基地，南京市艾滋病、结核病定点收治医疗单位，是以感染和传染病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，集防治、救援、应急为一体的，南京市重大公共卫生事件应急救治中心。设有感染病科、结核科、肝病科、综合内科、综合外科、重症医学科、一期临床研究中心等10多个临床、医技科室，竭力为本外地感染和传染病患者服务，并为城东地区百姓提供优质、温馨、舒适、便捷的诊疗服务，医疗服务辐射至全省及周边省市。
