首批19557箱文物自北平启程,暂存于国库库房。但随着文物数量持续增加,1935年,国民政府教育部正式批复,在南京朝天宫东侧兴建南京古物保存库,是当时国内规格最高的专业文物库房。 1936年9月26日举行的落成典礼,明确使用“国立北平故宫博物院南京分院保存库”这一名称。这座库房为钢筋混凝土结构,共地上四层、地下一层,墙体厚达1米,其设计处处彰显着战时的谨慎。 在南迁文物陆续抵达,存放南京之后,随着1937年南京告急,文物又经历西迁,直到1947年的东归。1949年,随着政权更迭,南迁文物的命运被撕裂:2972箱精品运抵台湾,成为台北故宫的基石。剩余万余箱本计划运回北京,却因朝鲜战争爆发、运输能力匮乏等原因,部分滞留南京。