IF27.6!恭喜南大附属苏州医院博士生拿下《Cell》子刊!揭示NPM1与线粒体功能在结肠炎和结直肠癌中的重要作用!
- 2026-02-05 12:33:21
IF27.6!恭喜南大附属苏州医院博士生拿下《Cell》子刊!揭示NPM1与线粒体功能在结肠炎和结直肠癌中的重要作用!
点击蓝字关注我们吧 🏥医生选生信方向不踩坑：核心是 “ 临床痛点 + 生信热点 ” 结合，按科室（呼吸科 / 肿瘤科等）+ 资源（有无临床样本）精准匹配，不盲目跟风 。 导语： 大家好！今天分享一篇 免疫生信 + 炎症性肠病 领域的高分文献 —— 发表于《Nature Immunology》，核心结论颠覆认知： MDS 高频突变基因 NPM1，竟是肠炎 “保护神”，靠调控线粒体代谢守护肠道黏膜 。不管是做 [免疫细胞机制] 的科研人，还是关注 [炎症性肠病治疗 / 血液病并发症] 的朋友，都能从这篇文章里挖到实用价值～ 骨髓增生异常综合征（MDS）高频突变基因 NPM1，常与炎症性肠病（IBD）并发，但二者关联机制不明。NPM1 是否调控 IBD、作用于何种细胞尚未明确，本研究通过解析 NPM1 在肠道 3 型固有淋巴细胞（ILC3s）中的功能，揭示其通过 p65-TFAM 轴调控线粒体代谢、维持 IL-22 分泌的保护机制，填补相关研究空白。 文献信息 
研究背景 临床痛点：IBD（溃疡性结肠炎 / 克罗恩病）易反复发作，还常与 MDS 并发，现有治疗难以根治，缺乏针对性分子靶点 生信切入点：scRNA-seq 能精准定位疾病相关细胞亚群，破解传统 bulk 测序无法区分细胞类型的局限 本文缺口：NPM1 是 MDS 高频突变基因，但它是否调控 IBD、具体作用细胞和分子机制完全未知 研究思路与方法 （一）设计研究思路 先验证 NPM1 与 IBD 的关联→定位 NPM1 作用的细胞类型（ILC3s）→挖掘分子机制（线粒体代谢 + 转录调控）→实验验证靶点功能 + 药物挽救 （二）研究方法 样本：22 例溃疡性结肠炎（UC）患者、20 例克罗恩病（CD）患者、29 例健康对照结肠组织；Npm1 基因修饰小鼠（Npm1⁺/⁻、Npm1 flox/flox 等） 公共数据挖掘：分析 GSE182270 的 scRNA-seq 数据，筛选 NPM1 差异表达细胞群 转录组分析：Smart-seq2 测序（GSE271455）+ 差异表达基因（DEGs）筛选 功能富集：clusterProfiler 包做 KEGG/GO 分析，聚焦氧化磷酸化（OXPHOS）通路 分子互作：ChIP-qPCR 验证 p65 与 TFAM 启动子结合 关键工具：Seurat（细胞聚类）、FlowJo（流式分析）、GraphPad Prism（统计绘图） （三）实验验证 细胞实验：ILC3 细胞系（MNK3）敲低 / 过表达验证、线粒体功能检测（Seahorse 代谢分析） 动物实验：DSS/TNBS 诱导肠炎模型、AOM/DSS 诱导结肠炎相关肠癌（CAC）模型 药物验证：苯扎贝特（线粒体激活剂）体内外挽救实验 关键结果解读 图 1：NPM1 缺陷加剧肠炎和肠癌 UC 患者结肠 NPM1 表达显著降低（对照组 29 例 vs UC 组 22 例）；Npm1⁺/⁻小鼠 DSS 诱导后体重下降更明显、结肠更短，AOM/DSS 模型中肿瘤数量增加（≥2mm 肿瘤数约 15 个 vs 对照组 5 个）。 
图 2：NPM1 特异性调控 ILC3s 的 IL-22 分泌 敲除 ILC3s 的 Npm1（Rorc cre/+ Npm1 flox/flox 小鼠），DSS 诱导后肠炎更严重；ILC3s 分泌的 IL-22 水平显著降低，MNK3 细胞敲低 Npm1 后 IL-22 分泌减少 50% 以上。 
图 3：NPM1 调控 ILC3s 的氧化磷酸化通路 scRNA-seq 富集分析显示，NPM1 低表达 ILC3s 中氧化磷酸化（OXPHOS）通路显著下调；RT-PCR 验证线粒体复合物基因（mt-Co1、mt-Atp6 等）表达降低。 
图 4：NPM1 通过 p65-TFAM 轴调控转录 ChIP-qPCR 显示 p65 可结合 TFAM 启动子，NPM1 敲低后结合效率下降；过表达 TFAM 能挽救 Npm1 敲低导致的 IL-22 分泌减少。 
♦️我会为你提供和SCI期 刊同源 的可视化图表，包括火山图、热图、生存曲线等，所有图表都可根据期刊要求调整格式（如分辨率、配色、字体），直接用于投稿。 研究价值与局限性 （一） 研究价值 首次揭示 NPM1-p65-TFAM 轴调控 IBD 的机制，填补 MDS 与 IBD 并发的分子空白 锁定 ILC3s 为核心靶细胞，为开发 IBD 精准疗法提供方向 验证苯扎贝特可挽救疾病表型，为老药新用提供直接证据 （二）局限性 人类样本以 UC 为主，CD 患者中 NPM1 降低不显著，需扩大样本验证 未探究 NPM1 突变体（MDS 相关）对 IBD 的影响，临床转化需进一步验证 文章小结 研究通过生信挖掘 + 实验验证，发现 NPM1 在 ILC3s 中通过 p65-TFAM 轴调控线粒体代谢，维持 IL-22 分泌以保护肠道黏膜；NPM1 缺陷会加剧肠炎和肠癌，而线粒体激活剂可挽救这一表型，为 IBD 尤其是与 MDS 并发的患者提供了新的治疗靶点和药物方向。 新手复刻指南 （一）选题： 聚焦 “高频突变基因 + 并发疾病”，比如 TP53 与肝癌 + 肝炎、KRAS 与肠癌 + 胰腺炎 优先选有公共 scRNA-seq 数据的疾病（GEO 关键词：IBD single-cell、MDS single-cell） （二） 工具： 基础分析：Seurat 做细胞聚类、clusterProfiler 做富集，跟着官方教程 3 天就能上手 进阶分析：ChIP-qPCR 实验方案可参考 Cell signaling 技术手册，Seahorse 代谢分析有成熟商业化流程 绘图：GraphPad Prism 画统计图表，SCI 论文通用，B 站有海量实操教程 （三）实验： 新手可先做生信挖掘 + 细胞系验证（MNK3、HEK293T 易培养），无需一开始做动物实验 药物验证优先选临床已获批药物（如苯扎贝特），降低转化风险，易出阳性结果 往期精彩回顾 IF:12.5 ！华南理工大学团队研发！细胞表面 “伪装” 术，生信 + 干细胞疗法攻克纤维化，思路可复刻 恭喜南昌大学二附院又携【网药】纯生信成文！这次他们搭档【ML+单细胞等】走了联合套路，值得学 IF8.3！分子对接+分子动力学！黑龙江中医药大学拿下一区高分TOP！
今天的文献拆解就到这里～ 关注本号，后续持续分享生信高分文献拆解 + 复刻技巧，助力大家少走弯路、快速发刊！ 如果你有明确的发刊方向（如某类疾病、某类生信技术），可以留言‘科室+需求’（如‘呼吸科+肺癌预后标志物’），我会免费帮你评估选题可行性，给出初步分析方案框架” ！
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