党的十八大以来，南京市深入学习领会习近平总书记关于加强城乡历史文化保护传承的重要论述精神，进一步加强历史文化保护力度，彰显古都特色风貌，推动历史文化名城不断取得新成效。
进一步构建南京历史文化保护传承工作新局面。为了贯彻落实国家、省加强历史文化保护传承的工作部署，印发实施南京历史文化保护传承“1+2”系列文件。市委办公厅、市政府办公厅印发了纲领性文件《关于加强保护传承营建高品质国家历史文化名城的实施意见》，要求通过健全保护传承体系、彰显南京古都特色、提升南京古都活力、体现南京古都温度、建立健全保障机制，营建高品质国家历史文化名城；2023年，南京市先后印发《关于进一步加强老城风貌管控严格控制老城建筑高度规划管理的规定》和《关于进一步加强老城保护严格控制老城范围内学校、医院、科研院所规划建设的指导规定》两个文件，要求按照老城一般区域、历史城区、历史地段实施分类管控，建立老城功能管理正负面清单，进一步疏解老城功能，严格控制老城内新建建筑高度，加强老城整体保护和风貌控制，将历史文化遗产纳入国土空间规划实施监督。
进一步充实完善南京历史文化保护传承保护名录。在国家、省、市文物保护单位基础上，结合全域全要素国土空间规划体系的建立，开展了“漫步南京寻找遗落的历史建筑”活动，完成棚户区、危旧房等待改造地块历史文化资源调查，市政府2017年批准了《南京市工业遗产保护规划》，2019年批准了《南京市红色文化资源保护与利用专项规划》，连续公布了5批次303处历史建筑保护名录、11片省级历史文化街区，颐和路、梅园新村历史文化街区入选中国历史文化街区，江宁杨柳村、高淳漆桥村入选国家历史文化名村，保护对象年代进一步纵深延展，强调古今并重，既着眼南京古代文明，又聚焦南京在近代历史、新中国建设和改革开放取得的成果载体保护，类型上涵盖了红色文化资源、工业遗产等，空间上将具有重要保护价值的70个村庄纳入省级传统村落保护名录。如今的南京拥有1处世界文化遗产、55处全国重点、124处省级、397处市级、322处区县级、1711处一般不可移动文物保护单位，与名城制度建立初期相比，保护数量大幅度增加。
进一步完善历史文化遗产保护长效工作机制。为了改进文物保护、土地出让、城市建设工作，2015年市委市政府成立了南京历史文化名城保护委员会和专家委员会，完善历史文化名城保护工作组织体系，进一步加大历史文化名城保护与城乡建设中问题协调力度。大部制机构改革时，在南京市规划和自然资源局保留历史文化名城保护处，扎口全市历史文化名城保护工作。进一步加强地下文物保护，颁布施行《南京市地下文物保护条例》，率先建立“先考古、后用地”的考古前置程序，加强规划资源、文物、建设等部门的工作衔接。积极探索研究制定老城更新综合平衡政策，改变“零打碎敲”发展模式和“就地平衡”运作方式，通过建立新城反哺老城机制，从新城定额统筹部分资金用于老城保护和更新项目，为老城保护提供资金保障。创建南京历史建筑保护告知书和修缮服务单位名录（库）制度，发布《南京市历史文化街区、历史风貌区、一般历史地段工作规程》《南京市一般历史地段保护图则编制技术指南》《南京市传统村落（古村落）保护发展规划编制技术规程》《关于加强历史建筑保护利用的通知》，加强保护对象全周期管理，遏制破坏历史建筑行为。出台《南京市历史文化保护对象防火安全保障方案的衔接办法》《南京市历史文化街区及历史建筑改造利用防火加强措施指引》，加强消防安全联动工作。
进一步加快突破以居住为主导功能的历史地段保护更新难题。对历史文化街区、历史风貌区等历史地段的保护复兴，改变房地产开发模式，积极探索历史地段保护更新新路径，实现“四大”转变：由大拆大建到小规模、渐进式有机更新转变，由保护单体向保护街区格局和街巷肌理转变，由文物保护走向保护不同时期历史建筑转变，由保护文化到注重街区功能的置换和导入转变，小西湖和颐和路历史地段保护更新成功入选全国历史文化保护传承示范案例。小西湖传统民居类历史风貌区保护更新，坚持以人民为中心，采用小规模、渐进式、院落式有机更新方式，搭建“五方平台”，充分尊重民意和老百姓权益，实行“一户一策”，切实改善老百姓生活品质，延续小西湖历史风貌。颐和路近现代建筑风貌类历史文化街区保护更新，坚持审慎推进，与古为新，探索基于社区生活微更新，有限开放院落，加强空间串联，打造文化线路，增强其社会公共服务功能，推进文化、产业、空间的全面复兴。
