学宫位于大成殿后街北，原有“东南第一学”门坊，包括明德堂、尊经阁、青云楼、崇圣祠等古建筑。明德堂是学宫的主体建筑，科举时代秀才每月逢朔望都到这里听训导宣讲。中国的学宫都称“明伦堂”，而夫子庙的学宫独称“明德堂”，据说是宋代文天祥题写的“明德堂”匾额之故。1986年明德堂维修时又修复了两旁的“志道”、“据德”、“依仁”、“游艺”四斋。
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南京夫子庙学宫是夫子庙建筑群的重要组成部分，与孔庙、江南贡院共同构成明清时期南京的文教中心。以下从历史、建筑和文化意义等方面进行介绍。
历史沿革： 学宫的起源可追溯至东晋咸康三年（337年），当时在秦淮河南岸设立太学，但此时尚未建孔庙；北宋景祐元年（1034年），学宫迁至秦淮河北岸并扩建为孔庙，形成“前庙后学”的格局，标志着学宫正式成为祭祀孔子与教育功能合一的场所。南宋建炎年间（1127-1130）因兵火焚毁，绍兴九年（1139年）重建后称建康府学；元朝改为集庆路学；明初为国子学，后改为应天府学；清初迁府学至城北，夫子庙学宫改为上元、江宁两县县学。近代咸丰年间（1851-1861）再次毁于兵火，同治八年（1869年）重建；1937年抗日战争期间严重损毁，1984年后经修葺复建，恢复了原有风貌。
建筑布局与特色： 学宫位于夫子庙孔庙北侧，采用二进四合院式布局，大门上书“东南第一学”五字，由清代南京状元秦大士题写。主要建筑包括：
明德堂：学子集会讲学之地，每月朔望（农历初一和十五）举行训导宣讲。
尊经阁：重檐歇山顶三层建筑，始建于明嘉靖时期，后曾国藩、李鸿章扩建为尊经书院，现为中国书院历史陈列馆。
东西厢房：原为教室，以“志道”“据德”“依仁”“游艺”命名，现改为华夏教育博物馆，展示中国教育发展历程。
此外，学宫内还有习礼亭、仰圣亭、敬一亭、崇圣祠等附属建筑，整体布局呼应“前有照、后有靠”的传统风水理念。
文化意义与功能演变： 学宫自宋代以来一直是南京乃至东南地区的教育核心，明清时期与江南贡院联动，成为科举考试的重要支撑。尊经阁作为书院历史的载体，见证了儒学传播与教育革新；学宫建筑群在近代战火中多次损毁重建，体现了文化传承的韧性。如今，学宫作为夫子庙-秦淮河风光带的核心部分，融合了历史展示、文化体验与旅游功能，是南京文化遗产的重要象征。
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