徐州医科大学附属医院国家药物临床试验机构由机构主任直接领导，下设机构办公室和办公室主任，机构办公室是医院药物临床试验工作的管理机构，办公室主任负责全院药物临床试验的组织、监督与协调工作，对各级药品监督管理部门和医院机构主任负责。药物临床试验机构负责全院各专业临床试验的管理、人员培训、技术指导及临床试验相关理论知识提高工作，以达到保证临床试验质量、提高临床研究水平的工作目标。
机构参照GCP原则等法律法规，制定了一套严密的监督管理和质量管理控制系统，对专业科室所承担的项目从设计、实施、统计分析、总结等各个阶段进行严密监督与协调管理，制定了完整的管理制度、规范和标准操作规程（SOP），保证了我院药物临床试验工作设计科学、合理、规范。
2017年5月我院心血管、呼吸、血液、麻醉、皮肤、神经外科、泌尿、医学影像（治疗）、肿瘤、内分泌、肾病、感染（肝病）、骨科、神经内科等14个专业通过国家食品药品监督管理局药物临床试验资格认定复核。
2019年我院所有专业科室均完成了在医疗器械临床试验机构备案管理系统备案工作。
2020年12月，眼科专业、妇产科-妇科专业、医学影像科-磁共振成像诊断专业、整形外科专业、医疗美容科专业、老年病-老年内分泌专业、免疫学专业、普通外科-肝胆外科专业、普通外科-胃肠外科专业、消化内科专业、耳鼻咽喉科-鼻科专业、核医学专业、康复医学科专业，13个专业通过国家药品监督管理局新增专业首次监督检查。截至目前，我院共28个专业（包括I期药物临床试验中心）可以开展药物临床试验，并完成了在国家药品监督管理局，药物临床试验机构备案管理信息系统中备案工作。
2023年11月，胸外科、咽喉专业、CT诊断专业及传染科-其他4个专业通过首次备案检查。
