处置尸体
慈善团体的掩埋活动
在南京大屠杀期间，南京市约有一二十家慈善机构，不同程度地开展救济、施药、埋葬等慈善活动。有据可查的参加了埋尸活动的慈善机构共有8家。包括：世界红卍字会南京分会、南京市崇善堂、中国红十字会南京分会、世界红卍字会八卦洲分会、南京同善堂、南京代葬局、顺安善堂、明德慈善堂等。
日军对遇难者尸体的处置
日军除了支持慈善团体和雇用当地难民掩埋尸体外，还动用部队将尸体大量抛入长江，或运往指定地点加以焚埋。日军为了掩盖屠杀暴行，并便于处理尸骸，往往采用焚尸灭迹的办法，以薪油置于尸体上，点火焚烧。日军在屠杀之后，最常用的处理尸体方法就是抛尸入江。如果屠杀地点是在河流、湖泊或水塘边，即就近将尸体抛入河湖、水塘中。将被屠杀的中国军民尸体抛入江河，大部分由攻入南京的日军步兵来执行，有时由步兵与海军、工兵相互配合来完成。在许多情况下，日军在屠杀后，还强迫中国民众将自己同胞的尸体推入江中。更为残忍的是，日军在屠杀与抛尸入江时，驱使下一批即将被杀的中国人将上一批已被杀的中国人尸体抛入江中。
粉饰太平
南京失陷的第二天，日军就到处张贴“安民告示”，声称日军不以普通民众为作战对象，让南京市民“安居乐业”。1937年12月15日，《大阪每日新闻》报道称，日军进入南京后，特别注意“维持治安”，市内“秩序井然”。事实上，此时日军正在南京大肆屠杀放下武器的中国军人和普通平民，而日本随军记者对此却视而不见，一味地向日本国内发回关于南京民众“安居乐业”以及有关"日中亲善"的报道。
幸存者揭露
逃离南京军人的揭露
南京城陷后，一些未能随队撤离南京的中国守军官兵，放下武器，换上便衣潜入民间、寺庙、安全区或西方使馆中避难。他们目睹了日军在南京烧杀淫掠的暴行，而又躲过了屠杀一劫。他们在逃离南京，到达大后方后，便通过各种渠道，或接受采访，或发出信件、专稿，揭露日军在南京的种种暴虐行径。
南京难民的揭露
在逃离日军统治下的南京人中，除短暂滞留的军人外，为数更多的是普通民众。他们在经历了梦魇般的恐怖之后，以自己的亲身经历与见闻，向大后方的新闻传媒讲述了日军在南京的暴行。随着日军对南京的封锁有所松动，从南京逃出的中国难民日益增多，中国各新闻传媒对这些难民的口述资料也日益重视，因而关于南京大屠杀难民的口述资料的报道也日益增多。逃离南京的难民对南京大屠杀暴行的揭露，是中国传媒报道南京大屠杀事件的重要消息来源。他们的揭露，涵盖了日军在南京杀烧淫掠等暴行。他们本身是受害者，又是自己亲属与友人遇难或遭受蹂躏最直接的见证人。大量幸存者的揭露，将日军南京大屠杀暴行公之于众，在国际、国内产生了巨大影响。在受尽苦难的南京难民中，能逃离虎口者只是少数，多数难民由于受到种种条件的限制，只能继续生活在日军统治下的南京。但是，他们中的部分人通过书信、日记与秘密接受采访等方法，将所见所闻的日军暴行揭露出来。
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