石头城遗迹位于今鼓楼区清凉山西侧。公元前333年，楚威王置金陵邑于此，筑城石头山。建安十七年（212），孙权在金陵邑故址建筑要塞，取名“石头城”，又称“石首城”。石头城以清凉山西坡天然峭壁为城基，环山筑造，西临长江，南凭秦淮，地势险要，为长江著名要塞。当时秦淮河从莫愁湖入江，只是随着时间，长江发生了西移。 1998 年起考古学者在清凉山、国防园一带发现城墙、城门等遗迹 。2017 年出土模印“石头”二字的东晋城砖，确证了遗址即为孙权所建石头城 。现为江苏省文物保护单位，正推进遗址公园及博物馆建设 。
清凉山与石头城本为一山，古称石头山，是南京城西的制高点，因山体由砾岩构成、地势险要，自古为军事重镇。
现今，南京城西干道虎踞路凿通后，将整座石头山劈为东西两段，东段叫清凉山，已辟为清凉山公园；西段俗称石头城山，已建为石头城公园；两个公园中间，有过道相连，均为免费。
清凉门是南京明城墙十三座明代京城城门之一，也是现存四个明朝城门原物之一，坐东朝西，地处清凉山西南部高低起伏的山崖之上，南接石城门，北连定淮门。其始建于明朝洪武初年，因紧邻清凉山而得名，虽建成不久即被堵塞，但在明代洪武六年（1373年）设兵马司驻守，洪武十二年（1379年）曾改称“清江门”，明朝中期复名清凉门，见证了南京城六百余年的历史变迁。与聚宝门（中华门）、通济门等交通枢纽不同，清凉门建造在清凉山西南部的山崖上，地处偏僻，自建成起便行人稀少。清凉门北侧有定淮门、南侧有石城门，三者沿城西并列，功能重叠导致其战略价值被稀释。
在清代，因使用率低下，封闭了清凉门（一说万历三年后堵塞）。《道光上元县志》载：定淮门内向多民居，号称殷富。自有洲业者以出入清凉门路纡折不便，请于当事，闭清凉而开定淮，地遂凋敝。因此在被封闭的300余年里，人迹罕至，以致许多南京人都不知有此城门。
1990年，南京市政府将石头城辟为公园，清凉门为其南侧重要古迹；2003年重新开放，逐渐融入城市公共空间。
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