长江路上的总统府曾经是太平天国的天王府，湘军攻入天京时毁于战火，曾国藩在其上重建了两江总督府。1912年孙中山在这里宣誓就任临时大总统，成了大总统府。当年四月，临时政府结束，改为南京留守府。
1913年至1927年的军阀混战时期，总统府先后成为江苏都督府、江苏督军署、副总统府、五省联军总司令部。袁世凯在称帝闹剧之后一命呜呼，黎元洪继任大总统，各省军政长官改为督军和省长，张勋复辟失败之后，在南京的副总统冯国璋要去北京就任代大总统，却舍不得放弃湖北、江西直至江苏的这一大片底盘，原先的鄂督王占元、赣督陈光远都是直系的，所以冯国璋在1917年8月6日通电代理大总统的同时，发表了李纯为江苏督军，李纯是冯国璋的心腹，这样的安排断绝了原先段祺瑞打算让皖系的段芝贵出任江苏督军的算盘。“长江三督”继续由直系把控。
1920年，直皖两系的矛盾日益尖锐，当年四月，直系四督和的东三省奉系军阀张作霖，加上河南省，正式结成了“八省反皖联盟”，李纯在其中起到了穿针引线的作用，这个联盟直接引发了七月的直皖战争。
战争爆发，皖系军阀不堪一击，段祺瑞引咎辞职。战争过程只有短短十天，当时李纯担心他的部下、段祺瑞的门生齐燮元，将齐燮元软禁在督军署。战后，直奉军阀达成分赃协定，李纯取得长江巡阅使，不过李纯觉得这个头衔有点笼统，所以后改苏皖赣三省巡阅使，当时的倒段主要人物曹锟是直鲁豫三省巡阅使，张作霖是奉吉黑三省巡阅使。李纯的任命是在十月二日发表的。
十月十日，北洋政府又授予李纯英威上将军称号，诡异的是，两天后的十月十二日，李纯猝然暴毙于督署的卧室之中，死后留下遗书五封。这一天督军署出现了贺客在门、吊者在室的场面。
当日，齐燮元急忙召集军警政各机关长官到督军署开紧急会议，并且很快将李纯的遗书影印发表，而之前齐燮元颇为善于笼络上下，所以在接任江苏督军的问题上获得包括张謇在内的多方支持。所以在外人看来，李纯死后获益最大的莫过于齐燮元了，有人怀疑李纯并非自杀，而是遭到了齐燮元的谋杀，似乎也不无道理。
据说齐燮元为这件事也发过一个毒誓，说若是自己是杀害李纯的凶手，早晚会吃枪子儿。不过有点可笑的是，抗战胜利之后，因为齐燮元在抗战期间勾结日寇做了汉奸，真的被国民政府在南京枪毙了，“元芳，你怎么看？”
时隔一百多年，南京人有几个还记得当初有这么一位江苏督军？怎么死的更是很少有人关心。比较官方的结论，认为李纯确实是自杀的，而且林林总总从各方面给出一大堆结论来论证他为什么要自杀。
著名记者陶菊隐在《北洋军阀统治时期史话》一书中，认为李纯患有“精神失常”，所以自杀。
关于李纯的死，还有一种传说，李纯是被他的马弁暗杀的。
据曾经担任吴佩孚参政的汪崇屏回忆，因为李纯在徐世昌担任大总统后一直不称总统，陆军次长张志潭派至友孙筱舶去游说齐燮元，齐燮元被说动，去劝说李纯，李纯对徐世昌才改称总统。
齐燮元住在督军署期间，李纯的马弁和李纯的一个姨太太私通，偶然被李纯撞见，马弁惊慌之下去找齐燮元救命，齐燮元说：“这个还用得着我，你自己不会想办法吗？”马弁认为这是一种暗示，于是深夜抽枪打死了李纯。而过后齐燮元干脆将李纯的两个团长也枪毙了。
孙筱舶在李纯死后再次去找过齐燮元，回来对汪崇屏说了这个事。
究竟是怎么一回事？
汪崇屏认为孙筱舶说得应该是事实，不过无论孙筱舶和齐燮元关系如何，发过毒誓的齐燮元大概不至于对孙筱舶如此“推心置腹”吧？所以孙还不至于从齐燮元嘴里听到这种说法。那就和坊间的传说也差不多了。
只是李纯“自杀”选择的时机有些过于蹊跷，此君忙了大半天，怎么会突然就想不开了？
