南京医科大学长期存在专业组设置不合理的问题。
高分热门专业，包括临床医学（天元班、5+3 一体化）、基础医学、预防医学（天元班）常年打包在同一个专业组；而康复治疗学、卫生检验与检疫、护理学、生物医学工程等就业路径差异悬殊的专业，也被合并划入同一专业组。
学校招生体量最大的临床医学五年制，与基础医学、法医学、临床药学等专业共用一个专业组，拉低了整体投档门槛，致使该专业最低录取分数线连续下滑：2023 年录取 625 分，全省位次 16212 名；2024 年降至 616 分，全省位次 19693 名；2025 年继续回落至 598 分，全省位次跌至 36724 名。
下文为 2025 年各专业组设置与对应录取分数线。
与之形成鲜明对比的是，省内苏州大学临床医学专业凭借纯粹独立的专业组设置，规避了冷门专业的分数稀释影响，近三年录取分数线及全省位次始终保持平稳、稳中有升。其具体录取数据如下：2023年录取分数线628分（全省排名14616位），2024年629分（全省排名12577位），2025年进一步升至631分（全省排名12320位）。
2025年，伴随南京医科大学非临床类本科生整体迁往常州校区，学校原有不合理的专业组划分格局迎来重大优化调整。本次调整后，所有临床医学类专业及天元班特色专业全部保留于南京江宁校区，各专业组划分清晰、定位精准，具体分组情况如下：
16专业组（单一顶尖专业）：仅设置临床医学（天元卓越班）1个专业，专属顶尖临床培养方向。
17专业组（天元特色实验班）：包含两大天元创新班专业，分别为基础医学（天元创新班）、预防医学（天元创新班），聚焦基础与预防医学拔尖人才培养。
18专业组（本硕一贯制核心专业）：囊括三个5+3一体化本硕贯通培养专业，分别为临床医学（5+3一体化）、临床医学（5+3一体化·儿科学方向）、口腔医学（5+3一体化）。
补充说明：南京医科大学儿科5+3一体化专业政策灵活，学生硕士阶段可自主选择非儿科方向深造，导师选择、培养模式与普通临床5+3一体化专业完全一致，无方向限制短板。
19专业组（临床主干专业集群）：汇聚各类主流临床医学专业，包含临床医学、医学影像学、眼视光医学（数智创新班）、眼视光医学、精神医学、放射医学、儿科学，覆盖临床医学核心就业方向。
20专业组（单一特色王牌专业）：仅设置口腔医学1个专业，独立成组、专业纯粹。
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