特别优秀的学生，从二年级起可申请获得国家奖学金，每人每年8000元。颁发国家统一印制的荣誉证书，并记入学生的学籍档案。
● 国家励志奖学金
品学兼优的家庭经济困难学生，从二年级起可申请获得国家励志奖学金，每人每年5000元。申请国家励志奖学金的学生原则上可以同时申请并获得国家助学金但不能同时获得国家奖学金。
● 费孝通立德奖学金
由江苏省费孝通教育基金会设立，旨在鼓励学生热爱祖国、立志成才、积极上进、培养高尚品德，在校期间争取优异的学习成绩，德、智、体、美、劳等诸方面全面发展。每年评选人数以基金会下达我校名额数为准，每人奖励人民币6000元。
● 先声奖学金
先声药业集团为支持我校医学教育事业的发展，促进江苏地区卫生事业发展，特出资在我校设立“先声药业奖学金”。每学年共奖励20人，奖励标准为每生每年6000元人民币。
● 扬子江奖学金：
江苏扬子江药业集团有限公司为支持南京医科大学医学教育事业的发展，促进江苏地区卫生事业的发展，特在我校设立“扬子江奖学金”。
奖励标准自2016年起为每生每年4000元人民币，共奖励25人，于每年10月份评定一次，12月份举行颁奖仪式，颁发奖金和荣誉证书。
● 唐仲英德育奖学金
为激励我校品学兼优的学生为振兴中华而勤奋学习，鼓励学生热心社会公益事业，关心帮助他人，服务社会，学有所成，报销祖国，唐仲英基金会出资在我校设立“唐仲英德育奖学金”。我校在籍一年级统招全日制本科学生（不含3+2转段、委培、定向、港澳台学生）符合申请条件的均可申请“唐仲英德育奖学金”。每年在一年级学生中评选出30名获奖学金者，获奖学金者通过年审后，本科在校期间每年可获奖学金4000元。
●陈家震—蒋慧权校友奖学金
校友陈家震—蒋慧权夫妇出资在我校设立“陈家震—蒋慧权校友奖学金”，鼓励和激发在校学生努力学习，奋发成才。
从2014年9月份开始，陈家震校友奖学金每年在我校奖励10名学生，奖励标准为每生每年2000元人民币。
