侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆位于江苏省南京市建邺区水西门大街418号，通称江东门纪念馆，选址于南京大屠杀江东门集体屠杀遗址及遇难者丛葬地，是中国首批国家一级博物馆，首批全国爱国主义教育示范基地，全国重点文物保护单位，首批国家级抗战纪念设施、遗址名录，也是国际公认的二战期间三大惨案纪念馆之一。
江东门纪念馆是为铭记侵华日军攻占南京后制造了惨无人道的南京大屠杀的暴行而筹建，是中国人民承载全民族灾难的实证性、遗址型专史纪念馆，也是中国唯一一座有关侵华日军南京大屠杀的专史陈列馆及国家公祭日主办地。该场馆1985年2月20日动工，8月15日即中国抗日战争胜利40周年纪念日当天建成开放。目前纪念馆已记录至第10665个遇难者。
2025年8月15日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆迎来开馆40周年。开馆40年来，纪念馆占地面积从2.5万平方米扩至10.3万平方米；馆藏文物史料从不足100件（套）增加至10.6万件（套）；年参观人数从10万人次到超过600万人次，总人数达1.5亿人次。
2024年7月18日，近百名社会各界人士代表，齐聚侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆内的幸存者照片墙前，为2024年去世的南京大屠杀幸存者程福保、陈桂香、刘素珍、高如琴、石秀英五人，举行熄灯仪式。
2025年12月5日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆公布一批最新文物史料。
历史沿革
1983年底，南京市人民政府经中国共产党江苏省委员会和江苏省人民政府批准，开始筹建侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，设立了“南京大屠杀”编史、建馆、立碑领导小组，由当时的南京市市长张耀华任组长。
1985年2月3日，邓小平到南京视察，题写“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆”馆名。邓小平的到来极大地推动了侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆的建设，工程随即于2月20日（正月初一）动工，当年8月15日即中国抗日战争胜利40周年纪念日当天建成开放，同时南京市还在17处大屠杀遗址设立纪念碑。
1985年8月15日，南京人民政府于建成并开放侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，场馆的所在地是侵华日军南京大屠杀江东门集体屠杀遗址和遇难者丛葬地，故又称江东门纪念馆。
1995年，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆开始二期工程建设。
1997年12月12日，二期工程竣工。
2002年12月12日，“历史证人的脚印”铜版路建成开放。
2002年10月，约翰·马吉的儿子大卫·马吉远渡重洋来到南京，将当年父亲拍摄的胶片和摄影机无偿捐赠给了侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，被评定为国家一级文物。
2004年3月1日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆在全国率先对社会公众免费开放，当年接待观众就达114万人次。以后的两年，2005年接待观众达220万人次，2006年仅上半年接待观众就超过130万人次。
2005年12月13日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆在原馆的基础上进行扩建，二期扩建工程正式奠基。
2006年6月26日起，闭馆扩建。
2007年，在中日双方努力下，紫金草花园在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆正式动工。
2007年12月13日，重新开放的纪念馆继续实行免费开放政策。
2009年，紫金草女孩铜像建成。
从2014年12月13日起，纪念馆作为南京大屠杀死难者国家公祭仪式的固定举办地。
2015年5月，利济巷慰安所旧址开始修缮，完成后将做为侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆的分馆开放。
2015年12月1日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆的分馆——南京利济巷慰安所旧址陈列馆正式开馆，对公众开放。这是亚洲最大、保存最完整的慰安所旧址，也是唯一一处被在世慰安妇指认过的慰安所建筑。
2015年12月7日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆三期新馆正式对外开放。
2019年12月13日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行捐赠仪式。美国纽约纪念南京大屠杀受难同胞联合会三任会长邵子平、陈宪中、姜国镇，捐赠了美国牧师约翰·马吉影像“37分钟”版“一寸盘”。经专家论证，马吉影像“37分钟”版具有无可替代的史料、文物和证据价值。
2021年9月18日上午9时18分，江东门纪念馆举办了“去世幸存者熄灯仪式”，共同悼念今年以来去世的8位南京大屠杀幸存者，同时提醒世人铭记历史、不忘过去、珍爱和平。
2022年11月30日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆发布一批新征文物史料情况。其中具有重要历史价值的为日本友人大东仁征集的数份档案资料，清晰展示了侵华日军“荣第1644部队”在南京驻地的细节。
2022年12月1日，“铭记历史 勇毅前行——2022年度系列新书发布会” 在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行，《南京大屠杀国际安全区研究》等8本新书发布。
2023年12月8日上午，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行2023年新征文物史料新闻发布会，包括日本上海派遣军报道部、华中方面军特务部木村中佐的《从军日志》，侵华日军《野炮兵第十二联队本部战斗详报》（部分）等在内的重要文物史料入藏纪念馆。2023年，纪念馆新征集文物史料1103件（套）。纪念馆建馆38年来，藏品总量达19.3万件（套）。
2023年12月12日，自2014年设立首个国家公祭日以来，纪念馆新增860件（套）文物，其中一级文物63件（套）、二级文物204件（套）、三级文物593件（套）。
2024年5月27日下午，“查尔斯·里格斯文物史料捐赠仪式”在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行。查尔斯·里格斯的后人向纪念馆捐赠了里格斯生前所获的这枚采玉勋章，以及他写给妻子的家书复印件等8件套珍贵文物史料。
2024年7月18日，近百名社会各界人士代表，齐聚侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆内的幸存者照片墙前，为今年去世的南京大屠杀幸存者程福保、陈桂香、刘素珍、高如琴、石秀英五人，举行熄灯仪式。
2024年12月13日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆新征集到一批文物史料，南京大屠杀及日军“慰安妇”性奴隶制度再添新证。]
2025年6月14日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆拿到完整版侵华日军细菌战部队1644部队留守名簿。
2025年6月26日，“日本友人竹上胜利文物史料捐赠仪式”在南京举行，包括1644部队留守名簿、158兵站医院留守名簿、宫下利市兵籍簿的复制件，以及侵华日军行军影像集影印件等入藏纪念馆。
2025年12月5日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行文物史料捐赠仪式，日军信件、日军占领南京后的照片、南京保卫战牺牲军医档案、日军“花见部队”相册、英法文刊物等13件（套）文物史料对外公布。
来自江苏徐州沛县汉兴高级中学的高一学生于聍鹏捐献两件文物史料。
南京保卫战中牺牲军医麦子莊之子麦迪尧，捐赠了反映父亲牺牲情况的三份珍贵档案：1940年7月19日“国民政府军事委员会”出具的《陆军战时死亡士兵乙种调查表》、1946年5月2日“国民政府军事委员会抚恤委员会驻粤抚恤处”的抚恤申请收条，以及1946年9月28日“国民政府军事委员会广州行营”的答复函。
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