自禅宗创立至“五家七宗”出现，涌现出许多分支，重要者有牛头法融开创的牛头宗、资州智诜等开创的保唐净众宗、大通神秀开创的北宗、荷泽神会开创的荷泽宗、马祖道一开创的洪州宗、石头希迁开创的石头宗、赵州从谂开创的赵州宗等，这些宗派都有祖师居住之地或重要传法地，形成了祖庭。还有一些宗师没有开创宗派，却在禅宗历史上具有重大影响，如南阳慧忠，其居住、传法地也被后世奉为祖庭。
该类祖庭重要者有牛头宗祖庭南京幽栖寺、南京宏觉寺，保唐净众宗祖庭资州宁国寺、成都大慈寺、遂宁广德寺，北宗祖庭、大通神秀之道场当阳玉泉寺，南阳慧忠之道场淅川香严寺，南阳慧忠、荷泽神会之道场南阳龙兴寺，马祖道一之道场南昌佑民寺，石头希迁之道场南岳南台寺，赵州从谂之道场赵州柏林禅寺。
南京幽栖寺
南京幽栖寺，位于江苏省南京市江宁区祖堂山南麓。“南朝四百八十寺”中之早期著名寺宇，牛头法融之道场，牛头宗发源地，禅宗重要祖庭。
祖堂山位于南京市江宁区秣陵街道，高约255.9米，系牛首山分支。南唐二陵位于祖堂山西南麓之高山之下，是五代十国南唐开国皇帝先主李昪（937—943年在位）与中主李璟（943—961年在位）的陵墓。祖堂山原名幽栖山，因山上建有幽栖寺得名，与牛首山似断若连，层峦叠翠，主峰削如芙蓉，高矗云霄。南麓竹海茫茫，古木参天。唐太宗贞观年间（627—649年），牛头法融在山中得道，成为佛教禅宗牛头派第一祖师，山更名祖堂山。
祖堂山有芙蓉峰、天盘岭、拱北峰、西风岭等山丘，主峰芙蓉峰海拔256米，层峦叠翠，耸入云端，状若芙蓉。山间云雾缭绕，山谷幽深，松涛竹海，引人入胜。山上还有伏虎洞、象鼻洞、神蛇洞，又有息泉、长庚泉、太白泉、飞来石、拜经台等景观。山南有石窟，相传为当年法融禅师入定之处，有百鸟群集献花之奇，故名献花岩，其处石峰奇秀，悬崖干尺。明宪宗成化年间（1465—1487年）在其处兴建花岩寺，寺中岩洞楼阁众多，有芙蓉阁、小星槎、归云亭、翠薇房、澄江台、大观堂、滴翠轩等知名建筑，后毁于兵火，现只能从古籍记载中略知一二。未来将围绕原有的南唐二陵及周边历史文化区域打造南唐文化园，还将建一座南唐博物馆。
幽栖寺建于南朝宋孝武帝大明三年（459年），以山为名，称幽栖寺。唐太宗贞观年间（627—649年），牛头法融在山北崖洞穴修行，得禅宗四祖道信嫡传心法，创立牛头宗，被称为“南宗第一祖师”。幽栖寺为牛头宗即“江表牛头”之发祥地，亦被誉为南宗祖堂，由此改名祖堂寺，幽栖山随之更名祖堂山。唐僖宗光启年间（885—888年）毁废。
五代后唐明宗长兴元年（930年）重建，改称延寿院。幽栖寺地势幽静，竹松马海，置身其中，令人尘虑顿消，幽思无限。五代十国南唐烈祖李昪（937—943年在位）政务倥偬之际常至祖堂山游赏，中主李璟（943—961年在位）也多次至延寿寺礼忏拜佛，后主李煜（961—975年在位）更是于山中大兴土木，造寺千间。
北宋英宗治平年间（1064—1067年），恢复幽栖寺原名。明代重建，又称祖堂寺。寺院依山而建，规模宏大，自山脚至山门为一冗长古道，两侧林木参天，繁叶蔽日，殿阁僧舍，错落有致。据《金陵梵刹志》，明代祖堂寺主要殿堂有金刚殿、天王殿、佛殿、千佛殿、观音殿、华严殿、水陆殿等。除观音殿为三楹，其余各殿均为五楹。另有三层十五楹禅堂、二层十楹斋堂及五楹厨库、茶寮各一座。寺院占地二百四十余亩，有田地山塘五百余亩。在明代，祖堂寺还管辖附近几座小刹。寺前建有一座无梁殿及回廊、渡桥等建筑。
