学校前身是1902年创建的三江师范学堂，后历经两江优级师范学堂、国立南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为“南京大学”。1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出工学、农学、师范等部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名“南京大学”，校址从四牌楼迁至鼓楼金陵大学原址。1994年，通过“211工程”预审。1999年，被确定为国家“985工程”重点建设的高水平大学。2017年，入选世界一流大学建设高校（A类）。2022年，入选第二轮“双一流”建设高校。
学校有仙林、鼓楼、浦口（江北）、苏州四个校区。截至2025年12月，学校设有46个学院；学校本科生16008人、硕士研究生19266人、博士研究生11205人、留学生1432人。截至2024年6月，学校有专任教师2420人。
