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研究方法

本研究收集 100 例单细胞转录组测序样本，经严格质控筛选获得 46 万余个高质量细胞，依据标记基因注释为 121 种细胞亚型；再通过细胞浸润谱聚类得到 6 个细胞程序，重点筛选肝转移相关的 4 个核心程序并分析其组成与功能，结合拟时序、细胞通讯及拷贝数变异解析程序动态演变与关键调控机制，最后联合生存数据验证预后价值并提出基于细胞程序的免疫治疗分层策略。

依据细胞浸润特点，研究将肝转移样本聚成 6 个稳定可重复的细胞程序。其中 CP5 在乳腺癌、肺癌、胃癌肝转移中富集且预后更佳，以 NK 细胞与 CD8 效应记忆 T 细胞大量浸润为特征。CP6 则主要由侵袭性更强的肝转移样本构成（乳腺癌除外），富集 Th1、Treg 等多种 T 细胞，呈现免疫激活与抑制共存的微环境，更易发生免疫逃逸。（图 2）

图2：肝转移相关细胞项目（CPs）跨癌症。

研究采用 CytoTRACE 与 Monocle2 对上皮细胞亚型开展分化轨迹分析，结果显示 AGR2 阳性上皮细胞属于分化早期阶段，LY6D 阳性细胞则处于分化后期。肝转移癌细胞的分化能力较弱，集中在轨迹末端，这一结果支持了转移性肿瘤由原发肿瘤逐步分化演进而来的理论假说。（图 3）

图3：伪时间轨迹分析揭示了上皮细胞过程推动转移进展。

对巨噬细胞亚型的分析结果表明，Mac_SPP1 在肝转移组织中明显富集，而 Mac_VSIG4 则呈现下降趋势。在处于免疫富集状态的 CP1 中，包含 Mac_C1QB、Mac_SPP1 在内的 6 种巨噬细胞亚型显著升高，且大多与巨噬细胞总体浸润水平呈正相关，说明这些亚型在肝转移的免疫调节过程中发挥重要作用。（图 4）

图4：肝脏相关样本肿瘤微环境（TME）中巨噬细胞/单核细胞的特征。

本研究共鉴定出 4 种 NK 细胞亚型，它们主要集中在 CP5 亚群中。除 NK_NKG7 以外，其余 NK 细胞亚型均与良好预后相关，这也印证了 CP5 转移活性低、患者生存期更优的特点。NK_NKG7 具有高细胞毒性、高炎症反应和高趋化因子（CCL3/4/5）表达特征，能够通过招募免疫细胞重塑肿瘤微环境。(图 5)

图5：肝脏相关样本肿瘤微环境（TME）中自然杀手（NK）细胞的特征。

✅研究对 CD4⁺T 细胞亚型展开分析，发现这类细胞在 CP6 中呈现高度浸润状态，并共鉴定出 12 个亚型。其中 5 种亚型在 CP6 中显著富集，且与局部 CD4⁺T 细胞浸润呈正相关。这些亚型高表达活化、效应分子及 TCR 信号相关基因；Treg 亚型则表现为高耗竭与共刺激特征，分别富集于 TGF‑β、IL‑2/STAT5 通路。（图 6）

图6：肝脏相关样本肿瘤微环境（TME）中CD4 T细胞的特征。