朱棣进入南京后，夺取皇位的过程并非简单的“攻下城池，登基称帝”，而是一场精心策划的政治行动。整个过程大致分为三个层面：掌控局势、抹除正统、重塑权威。
一、入城：以“清君侧”之名，行夺位之实
建文四年（1402年）六月十三日，谷王朱橞与李景隆打开金川门，燕军兵不血刃进入南京。
朱棣入城时，并没有立刻显露野心。他保持着低调姿态，继续打着“清君侧”的旗号——宣称自己起兵是为了清除皇帝身边的奸臣齐泰、黄子澄，而非反对建文帝本人。当时皇宫起火，建文帝下落不明，朱棣在见到尸体（一说并非建文帝本人）后，“痛哭不已”，表示自己是来救驾的，却来迟一步。
这番表演至关重要。他需要向天下人表明：并非自己夺位，而是天命使然，皇帝已死，国不可一日无君。
二、登基前夜：清洗与收编
入城后的头几天，朱棣做了两件事：肃清反对者与争取支持者。
以齐泰、黄子澄为首的建文朝臣被列为“奸臣”大肆搜捕。最惨烈的是方孝孺。这位建文帝最倚重的大儒，被要求起草登基诏书。方孝孺披麻戴孝，在朝堂上痛哭，朱棣威胁“你就不怕诛九族吗？”方孝孺厉声回答：“便十族奈我何！”最终，方孝孺被凌迟处死，连同其门生亲友共873人被杀或流放，成为中国历史上唯一一例“诛十族”的惨案。
与此同时，朱棣也在积极收编建文旧臣。夏原吉等一批能臣被迅速启用，以维持国家机器的运转。武将方面，他安抚了部分投降的南军将领，同时命人寻找并迎回被建文帝软禁在京的诸王，争取宗室的支持。
三、登基：合法性的构建
六月十七日，朱棣在南京奉天殿即皇帝位，改次年为永乐元年。
即位之初，他面临的最大问题是合法性。他是朱元璋的第四子，以“藩王”身份起兵推翻正统皇帝，在传统宗法制度下是“篡位”。为此，他采取了一系列措施：
· 重修《太祖实录》：通过篡改历史，强调自己才是朱元璋最属意的继承人，暗示建文帝并非正统。
· 废除建文年号：将建文四年改为洪武三十五年，从时间上抹去建文朝的存在。
· 重建特务机构：恢复锦衣卫的诏狱职能，并在此后设立东厂，严密监控朝野舆论。
总的来说，朱棣夺得皇位的过程，是武力夺取、政治清洗、历史重构三者并行。从金川门开城到登基，仅用了四天；但为自己“篡位”正名，却花费了整整一生的时间。
