南京市第二医院，创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。医院是国家医防协同医防融合试点单位，是江苏省高水平医院重点建设单位，是江苏省首批区域医疗中心，
医院是南京中医药大学第四临床医学院，是国家级住院医师规范化培训基地，入选国家级博士后科研工作站。有感染性疾病科1个国家临床重点专科，感染性疾病学、传染科、肿瘤科、普通外科、结核科、胸外科、呼吸道传染病专业、肝炎专业、艾滋病专业、医学检验科、医学影像科11个江苏省重点学科、专科，产科1个江苏省省级临床重点专科建设单位，中西医结合科1个江苏省示范中医科，肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科、麻醉科、骨科、老年医学科、超声医学科、神经内科、胸外科、护理学、妇科、呼吸内科、整形外科14个南京市重点专科，肝病实验室、中心实验室2个南京市医学重点实验室，国家中医药管理局重点研究室1个。
医院分为钟阜院区、汤山院区两个院区，开放床位2000张。
钟阜院区地处鼓楼区钟阜路1-1号，占地面积42亩，总建筑面积8.8万平方米。钟阜院区学科齐全，开设普通外科（含肝胆外科、甲乳外科、胃肠外科）、胸外科、泌尿外科、骨科、神经外科、整形美容/创伤修复科等外科二级学科，心血管内科、呼吸科、消化科、神经内科、内分泌科、免疫科、皮肤科等内科二级学科，肝病科、肿瘤科、妇产科、儿科、中医科、重症医学科、眼科、耳鼻喉科、口腔科等其他临床学科，共40多个临床、医技科室，以精湛的医疗技术提供全面、优质的综合医疗服务，医疗服务辐射至安徽、山东等邻近省份。
汤山院区（挂牌江苏省传染病医院，南京市公共卫生医疗中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，占地面积480亩，总建筑面积10.9万平方米。是江苏省传染病紧急医学救援基地，南京市艾滋病、结核病定点收治医疗单位，是以感染和传染病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，集防治、救援、应急为一体的，南京市重大公共卫生事件应急救治中心。设有感染病科、结核科、肝病科、综合内科、综合外科、重症医学科、胰腺炎诊疗中心、一期临床研究中心等10多个临床、医技科室，竭力为本外地感染和传染病患者服务，并为城东地区百姓提供优质、温馨、舒适、便捷的诊疗服务，医疗服务辐射至全省及周边省市。
“精诚奉献，惠泽民生”。多年来，南京市第二医院始终坚持公益惠民的宗旨，持续提升社会效益。积极推进医联体建设，牵头全省12家传染病医院成立江苏肝健康联盟、传染病专科联盟，组建南京都市圈感染与肝病联盟、肿瘤专科联盟，发挥领头羊作用，引领全省传染病医院及相关学科的建设与发展。与六合区、江宁区、栖霞区、鼓楼区多家社区卫生服务中心建立紧密型医联体，下沉优势综合医疗资源，辐射周边地区，造福更多百姓。以担当社会责任为己任，积极承担SARS、人感染H5N1禽流感、甲型H1N1流感、人感染H7N9禽流感、埃博拉出血热、新冠病毒感染等历次突发公共卫生应急事件的医疗救治任务，圆满完成2013年四川雅安地震抗震救灾、2014青奥会医疗保障等各项应急保障任务，积极参与塞拉利昂、桑给巴尔等非洲地区的国际医学援助活动，对口帮扶安徽、新疆、青海、西藏等地。医院先后荣获“全国卫生系统抗击非典先进集体”“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表现突出单位”“国家埃博拉出血热疫情防控先进集体”“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”“全国先进基层党组织”“全国三八红旗集体”等荣誉称号。
风劲帆扬，砥砺前行，如今的南京市第二医院，翻开崭新的一页。医院将进一步发展特色技术引领学科发展，提高综合服务能力。依托国家三级公立医院绩效考核，健全现代医院管理制度，提升精细化管理水平。合力建设学科高峰，争创国家级区域医疗中心，提升医院整体实力，进一步完善新发突发传染病防控，推动公共卫生体系的建立健全。
