1942年11月初（有说是12月18日左右），侵华日军高森隆介带领的部队在南京中华门外大报恩寺遗址上修建"稻禾神社"（也说是军事仓库或飞机场），强征了中国劳工开挖地基 。在距离原来三藏殿塔基约30米，地下约3.5米的地方，有人挖出了一只石函 。
石函两侧刻有铭文，一面记载："大唐三藏大遍觉法师玄奘顶骨，早因黄巢废塔，今长干演化大师可政于长安传得，于此葬之" 。另一面则记载了宋明两代迁葬的经过 。石函内套有铜函、银函、金函，层层相套，金函中盛放着长约12厘米、呈锯齿形的玄奘大师顶骨舍利 。
日军发现后严密封锁了此消息，甚至还杀害了参与挖掘的劳工，企图将舍利偷运回日本 。但最后还是被传开了，在1943年2月3日，汪伪政府的《民国日报》率先披露了这一事件，一时造成舆论大哗 。最后日军被迫承认发现玄奘大师顶骨舍利，并由高森部队将舍利移交给了当时的汪伪政府，但日方也私自藏了一部分 。
哪些地方供奉？
关于舍利最终分成了几份，说法不一，有三份说、六份说、八份说等。综合较可信的资料，大致情况如下：
最初三份：
南京一份：1943年在九华山（小九华山）建三藏塔供奉，即今玄奘寺所在地 。
北平（北京）一份：由北平日伪政权迎请 。
日本一份：日军私自截留，运回日本 。
北平那份后来又细分：
1944年，北平迎请的舍利被分为四份，分别送往：
天津大悲禅院
成都文殊院
广州六榕寺
北京广济寺
日本那份后来也再分：
最初供奉于东京，后因二战空袭，于1944年移至琦玉县慈恩寺
另一部分供奉于奈良药师寺
1955年，日本佛教界分赠一块给台湾，供奉于日月潭玄奘寺
其他去向：
1956年，经周恩来总理批准，部分舍利赠送印度那烂陀寺供奉，那里正是玄奘当年求学之地
1963年，为纪念玄奘圆寂1300周年，舍利曾奉迎至南京栖霞寺
1973年，南京的舍利最终移入灵谷寺玄奘纪念堂，成为镇寺之宝
2003年，为纪念玄奘诞辰1400周年，西安大慈恩寺从南京灵谷寺迎请部分舍利，安奉于玄奘三藏院
当年分送到广州六榕寺和北京广济寺的舍利，在文ge中遗失。而南京九华山三藏塔下的那份舍利，自1943年封存后一直未动，保存最为完整，2003年玄奘寺重建后，成为该寺的镇寺之宝 。
如今，玄奘顶骨舍利在全球约九处被供奉，包括南京玄奘寺、南京灵谷寺、台湾日月潭玄奘寺、日本琦玉慈恩寺、日本奈良药师寺、印度那烂陀寺、天津大悲禅院、成都文殊院以及西安大慈恩寺等地 。南京玄奘寺在京城东九华山山顶，玄武湖与紫金山之间，占地约一万平方米。寺庙建于1943年，最初是为供奉玄奘法师顶骨舍利而建的三藏塔，2003年重建后正式开放。
寺内中轴线上依次为天王殿、大雄宝殿、玄奘殿和三藏塔。大雄宝殿供奉三世佛与十八罗汉像，玄奘殿内有玄奘法师铜像，殿后三藏塔高约二十米，塔内供奉玄奘顶骨舍利，是寺院的镇寺之宝。
本文撰写参考以下材料
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