南京中医药大学中医学院的前身可以追溯到1954年建校初期设立的有关教研组，后历经南京中医学院中医系、南京中医学院基础部、南京中医药大学基础医学院、南京中医药大学中医学院·中西医结合学院等不同办学阶段，2023年11月更名为南京中医药大学中医学院。学院名医名家辈出，吴考槃、孟澍江、孟景春、丁光迪、陈亦人、张谷才、许济群等，他们都为新中国高等中医药教育作出了贡献。
中医学院是中医学学科建设的重要依托单位，中医学一级学科为江苏高校优势学科（四期A类），在全国第四轮学科评估中被评为A类，也是江苏高校优势学科建设工程终期验收优秀学科。学院以中医基础学科为主体，拥有国家中医药管理局高水平中医药重点学科3个、江苏省重点学科3个。
学院现有国家级教学名师、全国中医药高等学校教学名师等领衔的高水平师资队伍。多名教师被评为享受国务院政府特殊津贴专家、江苏省高校教学名师、江苏省国医名师、江苏省有突出贡献中青年专家、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人、江苏省“333”工程培养对象、江苏省“六大人才高峰”资助对象、全国老中医药专家学术经验继承工作继承人、全国中医临床优秀人才等。
多名教师被评为校级师德标兵、教学名师、名医，获得杏林优秀教学奖、巾帼建功先进个人等荣誉称号。
学院拥有各级各类科研实验室（平台）8个：中医热病学省部共建实验室、分子生物学（温病）国家中医药管理局三级实验室、中医经典交叉创新研究中心、经典方剂及类方研究室、肺系病方证研究校级重点实验室、中医脑病基础研究校级重点实验室、中药性效研究校级重点实验室、江苏省中医温病研究工程研究中心。
学院教师依托科研平台，积极推进中医药科研与创新，注重用现代科学解读中医药原理，目前正在承担的厅局级及以上科研项目100余项。
本专业教师参编外文、双语教材13部；成立“双语教学团队”，《中医基础理论》、《中医诊断学》等11门主干课程的双语建设，稳步推进中医药课程的国际化。
学院教师积极开展中医传统经典理论研究，出版学术著作近40部（主编10部)； 获江苏中医药科学技术一等奖（排名第一） 2项、中国中西医结合学会科学技术奖二等奖（排名第一）1项，江苏省科技进步二等奖（排名第二）1项；中华中医药学会二等奖（排名第二）1项。
