💁我估计不少做生信或者流病的朋友看到这种文章,第一反应是“我也能做”。确实,门槛没想象中那么高!
🧬找候选miRNA。下载GSA: CRA025280的sRNA测序数据,用DESeq2找F0-Et vs F0-Sed的差异miRNA,筛选|log2FC|>1、p<0.05的。
💡预测靶基因。用multiMiR R包或miRWalk,把差异miRNA的靶基因取交集,做GO/KEGG富集,重点关注转录调控和线粒体功能相关通路。
🔑构建调控网络。用Cytoscape把miRNA-NCoR1-PGC-1α这条轴可视化,看看还有哪些代谢基因被多个miRNA共同靶向。