中药学：国家双一流建设学科、国家重点学科，教育部学科评估A类，全国排名前列，软科中国最好学科排名第一，拥有中药制药过程控制与智能制造技术全国重点实验室。
中西医结合：教育部学科评估A类，国家重点学科，中医儿科学、中医医史文献、中医内科学为国家级重点学科，临床实力强劲。
护理学：学科评估B+，江苏省优势学科，就业面向三甲医院，稳定性强。
药学：江苏省重点学科，支撑中药学双一流学科群，发展势头迅猛。
9个学科进入ESI全球前1%：药理学与毒理学、临床医学、化学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、分子生物学与遗传学、农业科学、免疫学、材料科学，数量居全国中医药院校首位。
1个学科进入ESI全球前1‰：药理学与毒理学，科研实力国际认可。
医学类：中医学（5+3一体化、拔尖班）、中西医临床医学、临床医学、针灸推拿学、中医康复学、中医养生学、中医儿科学（均为A+评级）。
药学类：中药学、药学、中药资源与开发、药物制剂。
其他：护理学、公共事业管理（卫生事业管理）、生物工程，就业面向医院、药企、疾控、事业单位，编制率、就业率双高。
拥有4个一级学科博士点、12个一级学科硕士点，保研率稳定，深造率位居中医药院校前列。
附属医院资源丰富：江苏省中医院、南京市中医院等三甲医院，实习就业直通。
科研平台：中药品质与效能国家重点实验室（培育）、江苏省中药药效与安全性评价重点实验室等，科研条件一流。
