撤离南京
12月12日17时，卫戍司令部召集师以上将领开会，布置撤退行动。唐生智首先简要地说明当前战况，询问大家是否还能继续坚守。与会将领无一人发言。唐生智遂出示蒋介石命守军相继撤退的电令，即由参谋长周斓分发了参谋处已油印好的撤退命令及突围计划。
自行决定由下关渡江的军、师长大多未按命令规定的时间开始撤退，而是在散会后立即部署部队撤退。有的单位在接到命令前即已撤走。如卫戍司令部第2军团负责固守乌龙山要塞以掩护其他部队撤退和突围，应最后撤退，但徐源泉于12日下午即率其第41师和第48师从周家沙和黄泥荡码头乘坐其预先控制于该处的民船最早渡至江北，经安徽去江西整顿。乌龙山要塞部队在徐源泉部撤走后，也于当晚毁炮撤去江北。有的将领只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，随同卫戍司令部及第36师乘渡船先到江北。如第71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后告知幕僚撤退任务，即留参谋长邱清泉处理文件等，自己单独先去下关；其第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第36师联系为由，电话通知其第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。
由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抡过，互不相让，不少人因挤倒而被踩死。如教导总队第1旅第2团团长谢承瑞，在光华门阵地上曾英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内被拥挤的人群踩死。有的将领，如第83军第156师师长李江见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城出走。
从12月12日下午开始，南京卫戍军各部队撤退及突围的情况大致如下（南京大屠杀60年祭专辑给出的国军突围撤退的数字是32144人）：
卫戍司令长官唐生智、副司令长官罗卓英、刘兴及长官部官兵，12日晚从下关煤炭港乘预备的小火轮渡江至浦口，得到日军已至江浦附近、正向浦口包围的情报，遂徒步向扬州顾祝同第三战区司令长官部靠拢；13日7时到达扬州时，顾祝同及第三战区司令长官部已移驻临淮关，临行时留下6辆卡车。唐生智等主要官员及卫队乘汽车至滁州转火车，于当晚到达临淮关。
在司令部渡江后，第78军、第36师亦于煤炭港分批乘船渡江，至乌衣集结，尔后乘车去蚌埠，又转信阳去江西萍乡整顿。在叶肇及邓龙光两军长参加会议后，第66军及第83军（均为广东部队）共同研究决定：不遵守唐生智令第83军掩护其他部队突围后再于次日晨6时突围的命令，两军由叶肇统一指挥，按计划由正面突围，向指定地点转进 ，当即下令各师“按160、159、156、154师之顺序，由太平门突围，经汤山、句容向安徽宁国集中”。12日20时前后，除156师因未接到命令外，其他3个师先后通过太平门。途经岔路口、仙鹤门、东流等地时，均遭日军阻击，第159师代师长罗策群率队冲击时阵亡。拂晓前到达汤山附近时，又遭日军第16师团主力的猛烈攻击。部队逐渐失去掌握，各自为战，数百人或数十人一队，分头向指定地点转进。叶肇、邓龙光与各自的部队失散，均换着便衣突过日军包围圈。20日前后，各师大部分别到达南陵、歙县。第66军参谋处处长郭永镳在九华山一带收容失散的官兵约1300余人，临时编为3个营。1938年1月上旬，他们到达宁国附近归队。未接到命令的第156师师长李江率队与教导总队等一同撤至下关，部分官兵渡过长江，辗转归队。
南京卫戍军的其他各部均于12日下午和夜间拥至下关。第74军组织较好，又掌握有一艘小火轮，约有5000人渡过江北。其余部队仅有一部得以渡江，大多留在江南，遭日军杀害。
日军屠杀
12月14日，日军山田支队占领了南京最后一个支撑点——幕府山；天谷支队占领了扬州，切断了大运河；第6师团一部进至下关；国崎支队占领了浦口，切断了南京守军的一切退路。麇集于燕子矶、下关沿江一带及八卦洲、江心洲中未撤至江北的大量中国官兵都成为日军的俘虏。日“上海派遣军”司令官朝香宫鸠彦曾签署了一道嘱“阅后销毁”的机密命令，要所属部队“杀掉全部俘虏”。在占领南京城的前6个星期内，日军野蛮地屠杀了放下武器的俘虏数万人、平民20余万人，总数达30万人以上。
战争结果
中国方面
中国方面军人约五万余人，包括平民估计超过30万人丧生。
南京保卫战中牺牲的国军高级将领：
萧山令：宪兵司令部副司令兼参谋长，少将，1937年12月13日牺牲于南京下关。追赠陆军中将。
罗策群：国民革命军第66军第159师代师长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。追授陆军中将。
高致嵩：第88师264旅旅长，少将，1937年12月12日牺牲于南京中华门。追赠陆军中将。
朱赤：国民革命军第九集团军第88师262旅旅长，少将，1937年12月12日牺牲于南京中华门。追赠陆军中将。
易安华：第87师259旅旅长，少将，1937年12月12日牺牲南京莫愁湖。追赠陆军中将。
李兰池：国民革命军第57军112师副师长，少将，1937年12月12日牺牲于南京太平门。
司徒非：第66军160师参谋长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。追赠陆军中将。
姚中英：国民革命军第83军第156师参谋长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。追赠陆军中将。
李绍嘉，第83军156师468旅副旅长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。追赠陆军中将。
刘国用，国民革命军第七十四军第58师147旅副旅长，少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
黄纪福，国民革命军第66军159师477旅副旅长，追赠陆军少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
陈节，第66军159师参谋处长，追赠陆军少将，1937年12月12日牺牲于南京保卫战。
谢承瑞：教导总队第一旅二团上校团长12月13日凌晨始受命撤往下关，在挹江门因身体虚弱被拥挤失控的人群踩倒身亡。后追赠宪兵少将。
（以上将领尸骸无一从南京城中运出）这些殉国的少将都被晋级中将抚恤。在国民政府还都南京后，基本入祀首都忠烈祠，1969年3月获台湾当局批准入祀台北圆山忠烈祠。
根据历史档案记载：南京保卫战之中，中国军队阵亡中校军衔以上的中高级军官47人，分别是：少将8人，上校17人、中校22人。按职务划分，南京保卫战中，团以上军官阵亡了少将副司令1名，少将副师长1名，少将师参谋长2名，少将旅长3名，少将副旅长1名，上校副旅长4名、上校团长9名、上校处长2名、上校参谋2名，共25人(即少将加上校的人数)。
《南京抗日英烈地情资料实录》记录了萧山令、高致嵩、李兰池、罗策群、易安华、朱赤、姚中英、谢彩轩、司徒非、华品章、刘国用、李绍嘉、黄纪福、韩宪元、雷震、蔡如柏等十六名英烈的完整生平。 [28]
日本方面
南京保卫战打死日军三千余人，打伤九千余人，合计毙伤日军一万二千余人。
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