永乐十八年（1420年）迁都北京，永乐二十二年（1424年）南京设镇守，宣德五年（1430年）改守备。守备以公、侯、伯、驸马都尉任之，兼领中军都督府事。襄城伯李隆（1424 年任职）首位镇守南京的勋臣。 洪熙元年（1425年）始以内臣同守备，郑和（1425年任职）首位内守备。
宣德十年（1435年）设参赞，参赞机务以南京兵部尚书为主。
景泰元年（1450年）设协同守备，协同守备以公、侯、伯、都督同知、都督佥事任之，领五府事。
南京由守备一人，内守备一人，参赞机务一人，协同守备一人，组成南京管理体系，共同掌南都一切留守、防护之事。南京五军都督府，左右都督、都督同知、都督佥事不全设，分掌南京卫所，以达于南京兵部。城门之管钥，初设城门郎，洪武十八年（年）革，以门禁锁钥铜牌，命中军都督府专掌。
附：南京守备卫所
五军都督府三十一卫（京卫）：
中府，留守中卫、神策卫、应天卫、和阳卫、广阳卫
左府，留守左卫、骁骑右卫、镇南卫、水军左卫、龙虎右卫、龙虎左卫、沈阳左卫、龙江右卫、英武卫
右府，留守右卫、水军右卫、虎贲右卫、武德卫、广武卫
前府，留守前卫、龙骧卫、豹韬卫、豹韬左卫、龙江左卫、飞熊卫、天策卫
后府，留守后卫、兴武卫、鹰扬卫、江阴卫、横海卫
亲军指挥使司十七卫（上直卫）：
锦衣卫，旗手卫，府军卫，府军左卫，府军右卫，府军后卫，羽林左卫，羽林右卫，羽林前卫，金吾左卫，金吾右卫，金吾前卫，金吾后卫，虎贲左卫，济川卫，江淮卫，孝陵卫。
中府五卫、左府九卫、右府五卫、前府七卫、后府五卫，五军都督府所属京卫三十一卫，亲军所属上直卫十七卫，共四十八卫，隶属南京兵部，并听中府节制。
参考文献：
金陵全书《南樞志》
