近年来南京大学学科发展捷报频传。在第五轮学科评估中，南京大学实现成绩大跨越，12个学科获评优异学科A+，数量位居全国高校第4位。14个学科入选基础学科拔尖学生培养2.0基地，数量位居全国高校第2位。16个学科入选世界一流学科建设名单。22个学科入选ESI全球前1%，9个学科入选前1‰，1个学科进入前万分之一。还有一批学科进入世界大学学科排名前50名单。64个专业入选国家级一流本科专业建设点。这些权威评价指标基本能够全覆盖招生专业。
目前南京大学44个学科建设单位中工科达16个，占比超过36%，所以南京大学已经不再是一所仅仅文理强的名校，新工科已经强势崛起，学科布局焕然一新。在计算机学科领域权威榜单2026 CSRankings中，南京大学人工智能子学科登顶全球第一，软件工程多年蝉联全球第一，计算机视觉位居全球第三。
说到拔尖创新人才培养，就不得不提“南大最强理科班”匡亚明学院，它按照理科大类招生，低年级不分专业，分流阶段包括数学与应用数学、物理学、化学、计算机科学与技术等35个专业任选。除了100%自由选择分流方向，学生还可以100%自由选择学科导师与学业导师，100%自主申请国际交流，100%入选“拔尖计划”培养计划。正是因为人才培养优势突出，匡亚明学院被誉为“科学家的摇篮”。
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