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南京大学、北京航空航天大学都是重点院校，都好。相对来说，南京大学更为综合一些，北京航空航天大学属于理工类院校。都是国内重点院校。
一、南京大学
1、学校设有33个院系，开办89个本科专业，有36位专职院士。
国家重点学科一级学科有8个，分别是：中国语言文学、数学、物理学、化学、天文学、地质学、生物学、计算机科学与技术；
国家重点学科二级学科有13个，分别是：马克思主义哲学、世界史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、情报学、微电子与固体电子学、环境科学、材料物理与化学、气象学、自然地理学、外科学（普外）；
国家重点（培育）学科有6个，分别是：经济法学、中国近代史、世界经济、环境工程、水文与水资源、大气物理与大气环境。
2、在教育部组织的全国第4轮学科评估中，被评为A类学科的有21个，其中天文学、地质学、图书情报与档案管理被评估为A+学科。
有17个学科被评为B类学科，有3个学科被评为C类学科。
3、进入ESI学科国际排名前1%的学科有13个，分别是：化学、物理学、材料科学、地球科学、生物学与生物化学、临床医学、工程科学、环境科学与生态学、药理学与毒理学、数学、动植物学、计算机科学和农业科学。
二、北京航空航天大学
1、学校设有36个二级学院，开办74个本科专业，有32位专（兼）职院士。
国家重点学科一级学科有8个，分别是：管理科学与工程、航空宇航科学与技术、计算机科学与技术、控制科学与工程、材料科学与工程、仪器科学与技术、机械工程、力学；
国家重点学科二级学科有28个，分别是：人机与环境工程、系统工程、测试计量技术及仪器、航空宇航制造工程、车辆工程、航空宇航推进理论与工程、飞行器设计、计算机应用技术等。
入选世界一流学科建设学科7门学科：力学、仪器科学与技术、材料科学与工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、航空宇航科学与技术、软件工程等
在教育部组织的全国第4轮学科评估中，被评为A类学科的有14个，其中：仪器科学与技术、材料科学与工程、航空宇航科学与技术、软件工程被评为A+等级，有7个学科被评为B类学科，有2个学科被评为C类学科。
进入ESI学科国际排名前1%的学科有6个，分别是：工程学、材料科学、物理学、计算机科学、化学、社会科学总论。其中，工程学、材料科学进入ESI全球前1‰。
三、分析
南京大学、北京航空航天大学都是非常不错的院校，无高低。
选择学校还是要看专业，合适自己的才是最好的。
