根据高考分数等综合看，吉林大学的认可度略高。
吉林大学有计算机应用技术硕士点、博士点（1998年获批，余同），计算机软件与理论硕士点、博士点（1981年），计算机系统结构硕士点、博士点，计算机科学与技术一级学科硕士点、博士点（2000年）、博士后科研流动站（1985年），有电子信息专业学位硕士点（2019年，其中计算机技术工程硕士最晚2011年获批）、博士点（2022年），教育部第四轮学科评估在A-档，实力相当于全国前5~10%的水平。有保研资格，是研究生考试自划线院校，有兼职两院院士1人，2024年学术硕士录取推免生：58人，计划推免生：55人，录取推免率（推免生数/录取总数）：51.3%，专业硕士录取推免生：34人，计划推免生：41人，录取推免率：38.6%。
南京理工大学有计算机应用技术硕士点（1986年）、博士点（1996年），计算机软件与理论硕士点（2000年），计算机系统结构硕士点（2003年），计算机科学与技术一级学科硕士点（2003年）、博士点（2010年）、博士后科研流动站（2003年），有电子信息专业学位硕士点（2019年，其中计算机技术工程硕士1997年获批）、博士点（最晚2022年获批），教育部第四轮学科评估在B+档，实力相当于全国前10~20%的水平。有保研资格，2024年学术硕士录取推免生：126人，录取推免率：88.1%，专业硕士录取推免生：64人，录取推免率：34.8%。
按学科实力选：吉林大学。
吉林大学是 985 双一流（一流大学建设高校A类），副部级，教育部直属高校(原邮电部直属)。
南京理工大学是 211 双一流（一流学科建设高校），工业和信息化部直属高校(原兵器工业总公司直属)。
按学校层级选：吉林大学。
两校所处城市分别为：吉林省长春市、江苏省南京市，两省市2024年居民收入、消费等主要经济指标如图所示。
按城市选：南京理工大学。
两校计算机类专业2024年在各省市的高考最低分如图所示，在两校均有招生的省份里，吉林大学分数略高，两校分差主要集中在0~10分数段。
按分数选：吉林大学。
